ストーリー

ひとりの少年が黄昏の街トワイライトタウンで目覚める。 ロクサスと名付けられたその少年は、全ての過去の記憶を失っていた。

黒いコートの男に導かれるまま、XIII機関の一員となったロクサスは 日々の任務をこなしながら、彼の教育係であるアクセルと友好を深めていく。

任務が終わるとトワイライトタウンの時計塔で、 夕陽を見ながら他愛もない会話を繰り返す毎日。

少しずつ機関にもなじみ始め、その日も新たなパートナーとの任務が与えられた。 XIII機関の14番目、シオン。 XIII機関に加わった新たな存在。

彼女との出会いをきっかけに 3人の運命は大きく動き始める------