ノーマルミッション
機関から与えられる任務。ハートレスを倒す、未知のワールドを調査するなど様々な内容がある。
物語はミッションをクリアすることで進み、最後のミッションをクリアするとエンディングを迎える。
機関員から出される課題をこなすとパネルがもらえたり、受領できるミッションが増えたりする。

報酬ゲージ
ミッションセレクト画面に複数のミッションがある場合、ミッションをクリアするたびに報酬ゲージがたまっていく。
たまる量はミッションごとに決まっており、クリア後のゲージ量に応じてミッション報酬が2〜3倍に増える。
報酬倍率が上がっても回収アイテムは増えない。

ミッション詳細画面
【項目】 【詳細】
ミッション内容 ミッションの内容の説明
パートナー、出現する敵の情報が書かれていることが多い
ミッション条件 ノルマ達成条件の説明
トライアルミッションでは制約や評価基準なども表示される
成功報酬 クリアしたときに入手できる報酬
「クリア報酬」と「ランダム報酬」の2種類がある

ミッションゲージ
決められた条件を満たすごとにミッションゲージがたまっていく。
「ノルマライン」が設定されていて、そこまでゲージをためれば、闇の回廊から帰還が可能になる。
ノルマラインに達するまでは黄色、達すると緑色、満タンになるとオレンジ色になる。
特定のクリア報酬を得るにはミッションゲージを満タンにしてから帰還する必要がある。
【種類】 【内容】
〜を討伐せよ 討伐対象を倒すミッション
討伐対象が1体ならその1体を倒せばゲージが満タンになり、
複数なら倒すたびにゲージが一定量ずつたまっていく
ハートを回収せよ ハートレスを倒してハートポイントを手に入れるミッション
チェインで増えた分のハートポイントはミッションゲージに影響しない
〜を調査せよ いろいろな場所を調べていくミッション
一定の条件を満たすとミッションゲージがたまる。同時に調べられる場所が増えることが多い
機関の標章を回収せよ 各所に配置された「機関の標章」を集めるミッション
標章に触れれば取ることができる
ミッションゲージは標章を1個取るたびにたまり、光の輪が消えてから取るとゲージがたまる量が減る
光の輪はいずれかの標章を取るか、敵を倒すと大きさが初期状態に戻る
シャドウブロックを破壊せよ あちこちにあるシャドウブロックを攻撃して壊すミッション
ひとつ壊すごとにミッションゲージがたまり、すべて壊せばゲージが満タンになる

試練の証・試練皆伝の証・共闘の証
証を取るとトライアルミッションやミッションモードでそのミッションを遊べるようになる。
【種類】 【遊べるようになるモード】
試練の証 トライアルミッション
試練皆伝の証 トライアルミッションSP
共闘の証 ミッションモード

ミッション報酬
【種類】 【詳細】
クリア報酬 クリアするだけで確実に手に入るものと、ミッションゲージを満タンにしてクリアすると手に入るものがある
一度入手したものは薄い文字で表示されるようになり、以降はクリアしても手に入らない
ランダム報酬 ミッション詳細画面に記載されている中から、最大で3個が入手できる
各アイテムが選ばれる確率はそれぞれ異なり、なにも手に入らない場合もある。何回でも入手可能
トライアルシンボルなど トライアルミッションではトライアルシンボルのみ、ミッションモードではミッションクラウンのみが報酬となる
報酬ゲージによって得られる数が増えることはない

ホログラムミッション
受領期間の過ぎたミッションを「ノーマル」と「トライアル」の2種類で受領できる。
【要素】 【特徴】
選べる時期 DAY14以降
ミッションを選ぶときの手順 日にちを選んだあと、その日にちに対応しているミッションを選ぶ
ミッションの内容 通常のミッションと同じ
ミッション報酬 通常のミッションと同じだが、入手済みのクリア報酬は手に入らない
宝箱の配置 すでに開けたもの以外は配置される
証の配置 すでに入手したもの以外は配置される
敵の出現 すべて出現する
報酬ゲージ クリア済みのミッションを再度クリアしても報酬ゲージは増えない