ミッションモード
ミッションのみをプレイするモード。
ミッションをただクリアするだけではなく、他のプレイヤーと得点を競って1位になり、ミッションクラウンを手に入れるのが目的。
ミッションモードでセーブしたデータはストーリーモードでそのまま使える。

ミッションモードの特徴
【項目】 【特徴】
マルチプレイ ワイヤレス通信によって、2〜4人でひとつのミッションを同時にプレイできる
ひとりでもミッションモードを遊ぶことも可能だが、ミッションクラウンは手に入らない
ミッション 受領できるのは「共闘の証」を手に入れたミッションのみ
ミッションには階級が設定されている場合もあり、必要な階級に全員達していないと受領できない
ゲストプレイ セーブデータがひとつもない場合は「ゲストプレイ」で遊ぶことができる
ただし、データのセーブができないので成果をストーリーモードに反映させたい場合はデータをロードしよう
ミッションポイント 「ミッションポイント」という得点の要素がある
マルチプレイのときはミッションクリアまでに得るポイントを他のプレイヤーと競うことになり、
1位になればミッションクラウンが手に入る
ダメージを受けたり、ダウンしてしまうと減点になってしまう
ミッションプライズ ミッションプライズを拾うとミッションポイントを入手できる
銀と青の2種類がある
ミッションクラウン ミッションクラウンを規定の数以上集めると、ショップで景品が貰える
ミッションクラウンは同じミッションで何回でも手に入る
ミッションリザルト クラウンリザルトで表示される王冠の色は、金色が1位、銀色が2位、銅色が3位、灰色が4位を表す
ひとりで遊んだ場合は順位とクラウンリザルトの発表は省略されてミッションリザルトのみの発表になる
ダウン ダウンした回数が全員合わせて規定の回数に達するとミッション失敗になる
チャットリンケージ マルチプレイのときはワイヤレス通信で寄せ書き方式のチャットができる

プレイキャラクター
ミッションモードではロクサス以外のキャラクターも選ぶことができる。
初期状態で選べるのは13人だが、条件を満たすと選べるキャラクター増えていく。
【名前】 【選択条件】
ゼムナス 初期から選択可能
シグバール 初期から選択可能
ザルディン 初期から選択可能
ヴィクセン 初期から選択可能
レクセウス 初期から選択可能
ゼクシオン 初期から選択可能
サイクス 初期から選択可能
アクセル 初期から選択可能
デミックス 初期から選択可能
ルクソード 初期から選択可能
マールーシャ 初期から選択可能
ラクシーヌ 初期から選択可能
ロクサス 初期から選択可能
シオン DAY117で階級「ルーキー」を得る
リク DAY172で階級「エージェント」を得る
ドナルドダック DAY225で階級「エキスパート」を得る
グーフィー DAY296で階級「マスター」を得る
王様 エンディング後にショップで「王様の帰還」を買う(すべてのノーマルミッションをクリアすると入荷)
ソラ エンディング後にショップで「ソラの目覚め」を買う
(すべてのノーマルミッションをミッションゲージ満タンでクリアすると入荷)