ストーリーモード
物語を進めていくモード。このモードをクリアするとエンディングとなる。
ストーリーモードのプレイ状況は、ミッションモードの様々な要素やシアターモードの出現にも影響を及ぼす。

基本的な流れ
物語はロクサスが機関に入ってからの日々を追う形で進んでいく。
基本的にはミッションをひとつクリアするたびに1日進むが、ミッションセレクト画面に複数のミッションが表示される場合は例外。
それらのミッションをすべてクリアするか、キーがついているミッションをクリアして「NEXT DAY」を選ぶと、
「日にちのスキップ」が起こり、一気に日にちが進む。
【順番】 【詳細】
ミッションの準備&受領 光と闇を紡ぐ庭でパネルスロットなどのカスタマイズを行ない、
サイクスに話しかけてミッションを受領する
ミッションに挑む ミッションごとに決まったワールドを訪れ、ミッションのノルマを達成する
なにをすればいいのかはミッションごとに違う
ミッションをクリア ノルマを達成し、黒い渦のような「闇の回廊」を通って帰還すればクリア
討伐対象を倒したあと、自動的に帰還するミッションもある

パネルスロット
パネルスロットを強化すると、キャラクターのステータスが上がったり、魔法やアビリティが使えるようになる。
パネルはおおまかに7つのカテゴリーに分かれている。
「リンクエリア」を持つ「リンクパネル」は特定のパネルをセットすることができる。リンクが発生するとパネルが強化される。
パネルスロットは「スロット開放」を手に入れると、利用可能なパネルスロットがひとつ増える。
【カテゴリー】 【特徴】
アイテムパネル 回復アイテムが使えるようになる。使うとパネル自体がなくなってしまう
1種類につきバックヤードに99枚まで保存できる
ステータスパネル キャラクターのレベルを上げるパネルとバックパックの容量を増やすパネルがある
リンクによってキャラクターのレベルを大きく上げたり、バックパックの容量を大きく増やしたりできる
魔法パネル 魔法が使えるようになる
基本的にはセットしたパネルの魔法を、セットした枚数と同じだけ使える
リンクによって魔法のレベルを上げたり、使える回数を大きく増やしたりできる
アビリティパネル アビリティが利用できるようになる
セットしたパネルのアビリティは一部の例外を除けば無限に使える
リンクによってアビリティのレベルを上げたり、利用可能なアビリティを増やしたりできる
同じアビリティのパネルは同時に1枚しかセットできない
武器パネル ギア 装備している武器が変化し、ステータスが上がる
コンボで出せる技の内容が変わる。同時に1枚しかセットできない
ユニット ギアのリンクエリア内にのみセットできる
ギアにリンクするとステータスが上がったり、アビリティが利用可能になったりする
リングパネル ステータスが上がったり、アビリティが利用可能になったりする
同時に1枚しかセットできない
合成素材パネル パネル合成の素材になる。スロットにセットすることはできない
1種類につきバックヤードに255枚まで保存できる

リミットブレイク
ピンチのときのみ発動できる必殺技。
最初から使える「ファーストリミット」と使用にはパネルが必要だがより強力な「ファイナルリミット」の2種類がある。
発動できるのはHPがゲージの黄色い部分まで減っているときのみ。

パートナー
ストーリーモードでミッションに挑戦するときにロクサスに同行するキャラクター。
パートナーが誰になるかはミッションごとに決まっている。パートナーがいないミッションもある。
パートナーは自分の判断で、移動したり、敵を攻撃したり、ロクサスを援護したりする。