EXミッション
出現条件 ; それぞれのミッションをランクS以上の成績でクリアする
1. 出撃条件が設定されていて、条件を満たしていないグミシップには「×」マークがついて選択できない
2. 各ランクのノルマや敵の出現タイミング、レアエネミーが持っているスペシャルプライズの取得状況は通常のミッションと共通
3. 通常のミッションではノルマを達成するとランクに応じてクリアボーナスを獲得できるが、EXミッションではランクS以上の成績じゃないと獲得できない

アステロイドスイープ
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 キャタピラグミ グミシップの「スピード」の値が50以上
EXミッションレベル2 S 倒した数 500 シュリケングミ グミシップの「パワー」の値が100以上
EXミッションレベル3 S スコア 2900000 フィギュアグミセット グミシップの「パワー」の値が250以上

スターダストスイープ
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 フラッググミ グミシップにウインググミを12個以上セットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 500 ブーメラングミ シューティンググミ以外のウェポングミをセットしない
EXミッションレベル3 S スコア 3100000 パンチグミ グミシップにシューティンググミを20個以上セットしている

ファントムストーム
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 マストグミ おすすめ設計図にある「ハイウインド」シリーズのどれかを選ぶ
EXミッションレベル2 S 倒した数 500 パンチグミ グミシップの「最大HP」の値が50以下
EXミッションレベル3 S スコア 3100000 キャタピラグミ グミシップとタイニーシップの「最大HP」の値の合計が20以下

スプラッシュアイランド
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 フラッググミ グミシップにアビリティ「チェンジタイプ」をセットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 350 ブーメラングミ おすすめ設計図にある「インビンシブル」シリーズのどれかを選ぶ
EXミッションレベル3 S スコア 1700000 マストグミ グミシップにウェポングミをセットしていない

エンシェントハイウェイ
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 フィギュアグミセット グミシップにホイールグミを8個以上セットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 350 キャタピラグミ グミシップにアビリティユニットを8つ以上セットしている
EXミッションレベル3 S スコア 1900000 ブーメラングミ グミシップとタイニーシップの「スピード」の値の合計が80以上

フローティングアイランド
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 エンゲツリングミ スペシャルモデルにあるグミシップのどれかを選ぶ
EXミッションレベル2 S 倒した数 300 キャタピラグミ グミシップにロックオングミを4つ以上セットしている
EXミッションレベル3 S スコア 1900000 フィギュアグミセット タイニーシップを連れていかない

ブロークンハイウェイ
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 キャタピラグミ グミシップにシールドグミを6個以上セットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 350 フィギュアグミセット グミシップにスラッシュグミを2個以上セットしている
EXミッションレベル3 S スコア 2100000 パンチグミ グミシップにスラッシュグミを4個以上セットしている

サンライトストーム
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 フィギュアグミセット タイニーシップにストライクグミを4個以上セットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 600 シュリケングミ おすすめ設計図にある「ファルコン」シリーズのどれかを選ぶ
EXミッションレベル3 S スコア 3600000 パンチグミ グミシップの「コスト」の値が400以下

アサルト・オブ・ザ・ドレッドノート
【種類】 【ランク】 【ノルマ】 【クリアボーナス】 【出撃条件】
EXミッションレベル1 S メダルレベル 30 シュリケングミ グミシップにアルテマグミを2個以上セットしている
EXミッションレベル2 S 倒した数 650 キャタピラグミ グミシップのサイズが3×3×3以下
EXミッションレベル3 S スコア 7000000 ボムグミ グミシップにドレイングミをセットしている