ストーリー

新たな物語の始まりは「 KINGDOM HEARTS II 」の冒険を終えた頃。

ジミニーは今までの旅の記録をつづった2冊の「ジミニーメモ」を整理中に、 書いた覚えのない謎のメッセージを発見する。

彼らの痛みをいやしに戻らねばならない------

王様たちはこのメッセージにこめられた謎を探るため、ジミニーメモをデータ化し解析することに。 しかし再現されたデータ世界は "バグ" に侵食されていた。

王様はデータ世界にいるデータのソラに、"バグ" 排除の協力を依頼する。 ソラの新たな冒険がこうして始まった。