ゲームシステム
大半のワールドでシステムエリアのデバッグが必要になる。
【順番】	【詳細】
ワールド内を冒険する	フィールド上を移動して、バトルをしたりイベントシーンを見る
システムエリアをデバッグする	システムエリアに入って、バグエネミーを倒すことで、ワールドに異変を起こしているバグを除去する
ボスと戦う	各ワールドのボスステージでボスを倒す（ワールドによっては特殊なルールがある）

ワールドセレクト
訪れたことのあるワールドを3種類の方法で再訪問することができる。
【種類】	【詳細】
フリークエスト	クリアしたワールドのその後を見ることができる ライブラのレベルが上がっていれば新たなバックドアを発見できる 特定の人からの依頼を受けて、頼まれたものを探す「クエスト」を行うこともできる
エピソードリプレイ	クリアしたワールドの物語をもう一度やり直すことができる レアプライズブロックを探したり、特定のトロフィーの獲得に挑戦したりできる
スコアアタック	そのワールドのボスステージのみをプレイできる ワールドスコアの成績を更新したり、ワールドクリアのボーナスアイテムを獲得したりするのに役立つ

ステータスマトリックス
ソラのステータスを上げるのが最大の役割。 マトリックスボードにステータスチップをセットしたり、各パーツを操作して利用する。 9つのエリアに区切られていて、物語を進めて新たなワールドを訪れるたびに開放されていく。エンディング後に開放されるエリアもある。
【パーツ】	【特徴】
デュアルプロセッサ	ふたつのＣＰＵをチップで繋ぐとCPU同士を最短距離で結ぶ区間がデュアルプロセッサになる この区間ではチップの効果が2倍になる スロットがデュアルプロセッサの影響を受けるかどうかは、空いているときの色でわかる グレーが影響を受けて、茶色が影響を受けない
ワイヤ	ワイヤの根元のスロットにチップをセットすると、ワイヤにエネルギーが供給される エネルギーを供給することで、その先に繋がっているスロットにチップをセット可能にしたり、 ボーナスブースターやチートチューナーを起動したりできる
ボーナスブースター	ボーナスブースターはチップをセットしてCPUと繋ぐと起動できる 起動する方法は3種類あり、ボーナスブースターの配置によって変化する 1. スロットと繋がっている → 隣りのスロットにチップをセットする 2. 1本のワイヤと繋がっている → ワイヤにエネルギーを供給する 3. 2本のワイヤと繋がっている → 両方のワイヤにエネルギーを供給する
バグチップ	ステータスマトリックスを利用するうえで邪魔になるチップ バグチップには2種類あり、種類に対応したデバッグコードを使えば破壊できる
チートチューナー	難易度チート	ゲームの難易度を「ビギナー」「スタンダード」「プラウド」「クリティカル」の4段階で変更できる ソラのダメージ量やワールドクリア時のボーナスアイテムなどが変わる 難易度チートは最初から開放されている
	ドロップチート	敵がプライズボックスを落とす確率を上げられる ただし、確率を上げるとソラの最大HPが下がってしまう ドロップチートはワンダーランド開始後に開放される
	プライズチート	出現するプライズの量を増減させることができる プライズの量を増やすと攻撃で受けるダメージ量が増えるが、逆に減らすこともできる このチートの効果を受けるプライズは、HPボール、マニー、タイムボールのみ プライズチートはオリンポスコロシアム開始後に開放される
	CPチート	敵を倒したときに手に入るCPの量を増やせる ただし、ＣＰの量を増やすと手に入る経験値の量が減ってしまう 上下に動く3つのスイッチを動かして、CP倍率とEXP倍率を変化させる CPチートはホロウバスティオン（前編）開始後に開放される
	HPチート	ソラとノーマル敵の最大HPを下げる 倍率を0.0%にすると、最大HPが1になる HPチートはエンディング後に開放される

コマンドマトリックス
デッキコマンドをセットしたり、コマンドコンバート（コマンドの合成）を行ったりするもの。 各コマンドには、「消費メモリ」という値が設定されている。セットする場合は合計100%以内にしなければならない。
【種類】	【詳細】
青いスロット（上）	使用するコマンドをセットするためのスロット
青いスロット（下）	青いスロット（上）にセットしたコマンドを強化するコマンドをセットするためのスロット 青いスロット（上）にアタックコマンドかマジックコマンドをセットしているときのみ、 このスロットにもコマンドをセット可能になる。アイテムコマンドはセットできない。
赤いスロット（テストコンバートの結果）	青いスロットの上下両方にコマンドをセットした場合、 実際にソラが使えるのはここに表示されているコマンドになる。 このスロットに直接コマンドをセットすることはできない。

デコレーションマトリックス
ソラの装備とフィニッシュコマンドを変更できる。 キーブレードスロットとフィニッシュコマンドスロットは、なにもセットしていない状態にはできない。
【種類】	【詳細】
キーブレードスロット	キーブレードチップをセットするためのスロット。 このスロットにセットしたチップによって、装備するキーブレードが決まる。
フィニッシュコマンドスロット	フィニッシュコマンドチップをセットするためのスロット。 このスロットにセットしたチップによって、使えるフィニッシュコマンドが決まる。
アクセサリスロット	アクセサリチップをセットするためのスロット。 このスロットにセットしたチップによって、装備するアクセサリが決まる。 利用できるスロットの数はボーナスブースターを起動させることで最大4個になる。

デッキコマンド

コマンドマトリックスに各種のコマンドチップをセットすることで使えるようになるコマンド。 大きく分けると「アタックコマンド」「マジックコマンド」「アイテムコマンド」の3種類がある。

コマンドのレベル
アタックコマンドとマジックコマンドには、0〜100のレベルがある。 コマンドコンバートを行うとレベルが上がり、威力倍率が上がったり、ショップでの売却価格が上がるなどの変化が起こる。 敵が落とすコマンドと、スクラッチの目標達成で手に入るコマンドは最初からレベルが1以上になっていることがある。
【レベル】	【詳細】
0	レベルが表示されない
1〜99	レベルが数字で表示される
100	王冠のマークが表示される

コマンドのパワーアップ
アタックコマンドとマジックコマンドには「C」や「R」のマークがつく場合がある。 最初はどちらのマークもついていないが、コマンドコンバートを行うとこれらのマークがつくことがある。 敵が落としたコマンドには、最初から「C」や「R」のマークがついていることがある。
【マーク】	【詳細】
「C」のマーク	コマンドのレベルに応じて、クロックゲージの溜まる量が増える
「R」のマーク	コマンドのレベルに応じて、リロード時間が短くなる
「CR」のマーク	「C」のマークと「R」のマークが両方ついている状態。「C」と「R」両方の効果がある

アイテムコマンド
1. アイテムコマンドはリロードなしで使えるが、使うとなくなる 2. ひとつのスロットに2個以上セットできるものが多い 3. 使った分はバトル中でないときにすぐに手持ちから補充される 4. レベルがなく、CPも溜まらない 5. 「C」や「R」のマークがつかない 6. コマンドコンバートで使うことができない
【名前】	【セットできる数】
ポーション、エーテル、オールキュア	3個
ハイポーション、ハイエーテル、エリクサー	2個
ラストエリクサー	1個

コマンドコンバート
コマンドの合成のことで、コマンドのレベルを上げたり、「C」や「R」のマークをつけたりしてコマンドをパワーアップさせられる。 また、新たな種類のコマンドを生み出すこともできる。 コマンドコンバートの結果には、コマンドの種類が変わるケースと変わらないケースがある。
【特徴】	【詳細】
CP（コマンドポイント）	敵を倒すと、手に入る経験値の量に応じてCPも手に入る CPの入手量はCPチートによって最大で4倍まで増やせる 各コマンドの初期CPは基本的にゼロだが、コマンドコンバートで手に入れたコマンドには、 最初からCPが溜まっている場合がある
ボーナス	コマンドのレベルがテストコンバートの時点からさらに1〜5アップする 基本的に正式なコンバートのときにはボーナスが発生する
スペックオーバー	1. 「C」のマークがつく 2. 「R」のマークがつく 3. 「C」と「R」のマークが両方つく 4. コマンドのレベルがテストコンバートの時点からさらに10アップする

サポートアビリティ
バトルをサポートする特殊能力のこと。 サポートアビリティを得ていると、新たなバトルアクションが使えるようになったり、常に効果のある特殊能力を発揮したりできる。 3種類の方法で得ることができる。
【方法】	【詳細】
ステータスチップをセット	ステータスマトリックスに「ファイア+1」「レジストファイア+1」などをセットすると、 そのチップに対応したサポートアビリティを得られる アビリティを得られるのは、チップをセットしている間だけ
ボーナスブースターを起動	ステータスマトリックスで特定のボーナスブースターを起動すると、サポートアビリティを得られる 「ライブラ」以外はボーナスブースターをオフにして、アビリティを得ていない状態にもできる
アクセサリチップをセット	デコレーションマトリックスにアクセサリチップをセットすると、そのチップに対応したサポートアビリティを得られる アクセサリチップを外すと、アビリティを得ていない状態に戻る

オーバークロック
それぞれのキーブレードに複数備わっている特別なアビリティのこと。 クロックレベルが上がってLV2以上のクロックアビリティが発動することを「オーバークロック」と呼ぶ。 クロックアビリティを発動させるには「クロックゲージ」を溜めることが必要になる。
【特徴】	【詳細】
キーブレード	装備するキーブレードを変えると、発動可能なクロックアビリティが変わる 各キーブレードが持つ「クロックアビリティツリー」の中から、クロックレベルごとに発動させたいアビリティを選べる 最初はツリー内から選べるアビリティが限られているが、キーブレードのレベルが上がるたびに、 新しいクロックアビリティが解放されて選択可能になる
クロックアビリティツリー	解放されていないクロックアビリティは選べない フィニッシュアイコンがついているものを選ぶと、それより上のクロックレベルのアビリティは選べない クロックアビリティの発動中は、そのクロックレベル以下のアビリティを選び直せない
クロックゲージ	クロックゲージは攻撃などで溜められるが、時間が経つと減ってしまう フィニッシュコマンドを使ったり、装備するキーブレードを変えるとゼロになる
フィニッシュコマンド	クロックゲージを極限まで溜めると、フィニッシュコマンドが使用可能になる フィニッシュコマンドには、「シンプルタイプ」「コマンド入力タイプ」「D魔法タイプ」の3種類がある