アガスティアタワー。アカデミーがグラン＝パルスに建造した情報拠点。
タワー全体が演算能力を持つという、巨大な人工知能である。
内部では、人の力でファルシを創造する「デミ・ファルシ計画」が進められている。
そこには、記録されない歴史が眠っている。
かつてこの塔で起きた惨劇を知る人間は、ひとりもいなかった。
クリスタルが語る、時の記憶。
アカデミアで起きた事件の真相を求め、セラたちはアガスティアタワーに乗り込んだ。
発覚する意外な事実。
暴走したファルシを造ったのは、ホープだった。
過去のアカデミーで、何があったのか?
謎を追うふたりは、カイアスの姿を見つけるが、施設の故障で、ゆく手を阻まれる。
装置を動かすキーを求めて、ふたりは他の時代に旅立つのだった。
クリスタルが語る、時の記憶。
シ骸事件の真相を追うノエルとセラは、ユールと再会し、驚くべき真実を知る。
ユールは古代から転生を繰り返す巫女。
カイアスは、何百年も前から巫女を守る、不死身の戦士だった。
そして、アカデミアで起きた事件の真実が語られる。
ふたりを罠にかけたのは、人造のファルシだった。
セラとノエルは、仮想空間で敵と対峙する。
激闘の末、デミ・ファルシは消滅するが---?