セラとノエルは、未来を変えた。
街を見下ろすデミ・ファルシの姿はもはやなく、空には古代グラン＝パルスの遺構「13thアーク」が浮かぶ。
与えられた社会ではない。人間がみずから勝ち取った、未来の姿であった。
一方で、予言されたコクーン墜落の年も、ゆっくりと近づいていた。
アカデミーはその時にそなえ、遠大な計画を進めていた。
クリスタルが語る、時の記憶。
機械の神は消滅した。
生まれ変わったアカデミアでふたりを出迎えたのは、未来を訪れたホープとアリサだった。
アカデミーはホープの発案により、人工コクーンの建造を進めていた。
それは、来たるべきコクーン墜落から人類を守る箱舟だった。
しかし箱舟を空に浮かべるためには、ある結晶が必要だった。
グラビトンコア。
それは、この時代にない物質だった。
クリスタルが語る、時の記憶。
ノエルとセラは、時を超えたホープたちと再会した。
ふたりの力で、人工コクーンを打ち上げる計画は大きく進展する。
それはまさに、人類を救う希望の箱舟だった。
破滅の未来は、回避できる。
新たな期待を胸に、次の時代へと出発するノエルとセラ。
だが、ふたりがくぐったゲートには、裏切りの罠がしかけられていた---