クリスタルが語る、時の記憶。 変わり果てた未来に、「彼女」はいた。 セラはついに、ライトニングと再会を果たす。 変わり果てたネオ・ボーダムで、語られる真相。 時の異変はすべて、カイアスが仕組んだことだった。 消えゆく女神エトロを護るために、ライトニングはヴァルハラに向かう。 一方、セラとノエルは、コクーンの崩壊を止めるべく、カイアスとの決戦に臨むのだった。