予言された「時」が来た。
500年の間コクーンを支えてきたクリスタルの柱が、崩れ落ちようとしている。
アカデミーはすべての人々を新しいコクーンに移住させた。
希望の箱舟は今や、打ち上げの瞬間を待つだけとなっていた。
破滅か、再生か。ふたつの未来がぶつかり合う。
カイアスとの決戦が、始まろうとしていた。
クリスタルが語る、時の記憶。
ノエルとセラは、カイアスに挑む。
ユールを解き放つために、コクーンを堕とそうとするカイアス。
ユールの願った未来をつかむために、彼を止めようとするノエル。
ゆずれぬ想いが衝突するアカデミアの空で、不可視の世界への亀裂が開く。
サッズとホープの助けを得て、セラたちは時空の裂け目に飛び込む。
世界の命運は、ふたりに託された。