危機は、突如として訪れた。
AF20年。ビルジ遺跡で、魔物が爆発的に増殖を始めた。
パラドクスが原因と見られたが、やがて調査もままならぬほど事態は深刻化。
政府はこの地を事実上放棄し、民間に解決方法を募った。
遺跡は傭兵と在野の研究者であふれ、無法地帯も同然となった。
事態はその後も悪化を続け、経費と時間だけが浪費されていった。
パラドクスの発生から、実に300年近くが過ぎようとしていた。
クリスタルが語る、時の記憶。
遺跡では、魔物の増殖が続いていた。
事態を収拾した者には、政府から褒賞が与えられるという。
話を聞いたモーグリが、賞金獲得に意欲を見せる。
パラドクス解決に奔走する、ノエルとセラ。
解決の糸口は、AF100年にあった。鍵をにぎるのは、巨兵アトラスの制御装置。
ついにふたりと1匹は、装置のパスワードを手にいれたが---?