1. ネバーランドに入る
　フック船長の海賊船にとらわれてたどりついたネバーランドではリクが待っていた------そしてカイリも。
　リクはカイリを助けるためにハートレスの力を利用し、フックとも手を組んでいたのだ。
　リクは闇の力をあやつりソラを船に閉じこめる。そこにはウェンディを助けに来たピーターパンがいた。
　ピーターパンといっしょに、カイリとウェンディを助けよう!

2. フックを倒す
　海賊船につかまったソラたちは、ピーターパンと力を合わせ、とらわれたカイリとウェンディを助けに向かう。
　やがてふたりがいる部屋を見つける。ウェンディによると、カイリは心をなくしたように眠っているという。
　やっと会えたカイリに手をさしのべるソラ。だがあと一歩というところでリクが現れ、カイリを連れ去った。
　後を追ったソラたちは、ティンカーベルを人質に取られてしまった。
　クロコダイルが待つ海へ落とされそうになるソラたち。
　その時ピーターパンが助けに入り、ソラたちはフックと海賊たちをけちらした。
　カイリを取りもどすことはできなかったが、まだやることが残っている。
　この世界のどこかにある鍵穴を見つけて、キーブレードで閉じよう。

3. ネバーランドの鍵穴を封印する
　海賊船につかまったソラたちは、とらわれたカイリとウェンディを助けに向かう。
　やがてふたりがいる部屋を見つける。ウェンディによると、カイリは心をなくしたように眠っているという。
　やっと会えたカイリに手をさしのべるソラ。だがあと一歩というところでリクが現れ、カイリを連れ去った。
　後を追うソラの前に、フック船長が立ちはだかった。
　ピーターパンと力を合わせて海賊たちを倒したが、リクとカイリは姿を消していた。
　ソラにできることは、カイリとの再会を信じることだけだった---
　大時計にかくされた鍵穴を閉じると、新しいグミブロックを発見した。
　それはソラを、カイリが待つ世界にみちびいてくれるだろうか。
　ティンカーベルを仲間に加えて、ソラたちの旅はつづく。