マスター・ゼアノートは心を失った弟子ヴェントゥスを、「デスティニーアイランド」に置き去りにしようとしていた。
しかしヴェントゥスの心に呼びかける生まれたばかりの心によって心は補われ意識を戻す。
それから数年後、テラ、アクア、ヴェントゥスの3人は「旅立ちの地」と呼ばれる、代々正統なキーブレードマスターが守護する世界で、
師匠のマスター・エラクゥスのもと、キーブレードマスターになる為の修行をしていた。

本来テラとアクア、2人共にマスターとして承認されるはずだったが、マスター・ゼアノートの策略により承認試験が開かれ、
アクアだけが承認される結果となった。
そのさなか、世界に負の感情から生まれたアンヴァースと呼ばれる魔物が現れたことを知らされる。
テラはアンヴァース討伐と、連絡の途絶えたマスター・ゼアノートの捜索に旅立ち、ヴェントゥスはそれを追って飛び出してしまう。
アクアはマスター・エラクゥスからテラの監視と、ヴェントゥスを連れ戻す密命を受ける。
それぞれの目的で3人の旅がはじまる。

アクアがテラとヴェントゥスを案じる中、テラは旅の中で光と闇の均衡を説くマスター・ゼアノートの教えに傾倒していき、
ヴェントゥスは修行中のミッキーと出会い、マスクを被った謎の少年ヴァニタスと戦うこととなる。
テラ、アクア、ヴェントゥスは「レイディアントガーデン」で再会するが、それぞれの疑心が3人をまた離ればなれにしてしまう。
テラはますますマスター・ゼアノートの教えに傾倒し、アクアはテラの心を傷つけたのではないかと悩み、ヴェントゥスはテラを追う。

テラは運命に導かれるようにして、「デスティニーアイランド」に降り立つ。
そこで出会った少年、リクの心に自分を重ねたテラは、リクにキーブレード継承の儀を行う。
遅れてこの地を訪れたアクアは、テラがリクにキーブレードを継承させていることを感じとり、
いっしょにいた少年、ソラに自分を重ねリクに何かあっても彼を助けるように言う。
一方、ミッキーの危機に駆けつけたヴェントゥスはマスター・ゼアノートから自身の出生の秘密を聞かされてしまう。

マスター・エラクゥスは"Xブレード"のことを知ってしまったヴェントゥスが災いをもたらすと封印しようとする。
そこに駆けつけたテラは友を守る為、師であるマスター・エラクゥスと対峙するが、本性を現したマスター・ゼアノートがマスター・エラクゥスを討つ。
ヴェントゥスはテラに救われて「デスティニーアイランド」に飛ばされる。
そこに現れたヴァニタスが自分と融合してXブレードになれとヴェントゥスにせまるが、こばむヴェントゥスは過去のことを思い出す。
ヴァニタスはヴェントゥスの心の闇を取り出されて生まれた存在だった。
導かれるようにして「キーブレード墓場」に集うテラ、ヴェントゥス、アクア。

そこにマスター・ゼアノートとヴァニタスが現れる。
激しい戦いの中で、マスター・ゼアノートに身体を乗っ取られるテラ。
ヴェントゥスはヴァニタスとの対決を余儀なくされ、Xブレード完成を阻止するためにヴァニタスとともに消滅する道を選ぶ。
戦いの果て、ミッキーに助けられたアクアとヴェントゥス。
目を覚まさないヴェントゥスと行方不明となったテラを助けるため、アクアは再び旅立つ。

師の教えに従って「旅立ちの地」を封印したアクアは、そこに眠ったままのヴェントゥスを休ませる。
その場所はいずれ「忘却の城」と呼ばれるようになる。
ヴェントゥスの心は消えそうになりながらもソラの心の中で眠りにつく。
かつてヴェントゥスの心を補った心はソラの心だった。

アクアはテラの身体を乗っ取ったゼアノートと対峙し、戦いの末、アクアは闇に堕ちていくテラを身を呈して光の世界へ帰還させる。
それから約10年、闇の世界をさまよっていたアクアは謎の人物と出会う。
謎の人物は闇にのみ込まれそうになった世界を救った少年のことを話す。
アクアはその少年の名を思い、希望に満ちた表情を浮かべる。