ソラ、リク、カイリは自分たちが住む世界「デスティニーアイランド」から外の世界を夢見ていた。
3人がいかだを作っていたある日、ソラは謎のローブの人物に出会い、「この世界はつながった」と告げられる。
間もなくして嵐にみまわれ、「デスティニーアイランド」は闇にのみ込まれてしまう。
親友のリクとカイリと離ればなれになってしまったソラは鍵型の剣"キーブレード"を手にする。
他の世界でも同じ異変が起こっていて、すでにいくつかの世界が闇にのみ込まれていた。

「ディズニーキャッスル」では、王様が手紙を残して姿を消していた。
その従者であるドナルドとグーフィーは手紙の指示に従って、鍵を持つ人間をさがす旅に出発する。
「トラヴァースタウン」で目覚めたソラはドナルド、グーフィーと出会う。
キーブレードを持つ者の使命に目覚めたソラはドナルド、グーフィーといっしょに、それぞれの大切な人をさがす旅が始まる。

世界各地に開いた"鍵穴"、その中にある"世界の心"を狙って現れるハートレスと呼ばれる心の闇が具現化した魔物を倒しながら、
各世界の扉をキーブレードで閉じていくソラ。
一方、世界に異変をもたらしていたのは魔女マレフィセントをリーダーとする闇の勢力だった。
マレフィセントはリクを惑わし、世界の純粋な7つの心、「セブンプリンセス」の心を集め、全ての世界を手を入れようとしていた。

「ホロウバスティオン」でソラの前に現れたリクは闇にとりこまれていた。
ソラに戦いを挑んで敗れたリクは、闇の探究者アンセムに身体を乗っ取られてしまう。
ソラがマレフィセントを倒すと、入れ替わるようにしてアンセムが立ちはだかる。
アンセムもまた世界の中心の扉------
"キングダムハーツ"に通じる鍵穴の完成を目論んでいた。

ソラは自分の中に眠っていたカイリの心を解放したことで一時的に"ハートレス"になってしまうが、カイリの心の光がソラを復活させる。
完成した鍵穴を閉じる決意をするソラに、カイリはサラサ貝でつくった再会を意味するお守りを手渡す。
ソラはカイリにお守りを返す約束をして再び旅立つ。

アンセムを追ってやって来た、世界をのみ込む闇の中心で、ソラはアンセムを倒す。
ソラは開いてしまった、世界の心がつながってできた心の集合体、"キングダムハーツ"の扉を闇の側にいたリクと王様と協力して閉じるが、
リクと王様は闇の世界に取り残されてしまう。
ソラは元の世界には戻らず、ドナルド、グーフィーと共に大切な友達をさがす旅を続ける道を選ぶ。