リクと王様をさがす旅を続けていたソラ、ドナルド、グーフィーは、黒いコートの人物に導かれて「忘却の城」にたどり着く。
ソラは黒いコートの人物から受け取った、ソラの記憶から作られたというカードから作られた世界を冒険することになる。

黒いコートの集団"機関"のマールーシャはナミネという少女の能力で、ソラの記憶を操作しキーブレードの力を手に入れようとしていた。
機関とは、心を奪われてハートレスが生まれた際に、心が抜け落ちた肉体と魂から生まれる、存在しない者ノーバディを束ねる組織だった。
城を進むほどに、ソラのカイリの記憶はナミネに書き換えられていく。
そんなソラの前に、闇にとらわれた姿のリクが現れて、ナミネを守るといってソラに戦いを挑んでくる。
しかしソラに倒されたリクは姿を消してしまう。

次々と襲いかかってくる機関メンバーを倒していくソラ。
その中の一人アクセルは敵とも味方ともつかない行動でソラの前に現れては姿を消す。
そして、ソラの前に現れたリクの正体は機関がつくりだした人形、リク＝レプリカだったことがわかる。
そんなリク＝レプリカの助けもあって、ソラはマールーシャを討ち倒す。

ナミネから真相を聞いてもソラはナミネを責めることはなかった。
ナミネはカイリが心を奪われた時に生まれたノーバディだった。
そしてナミネは記憶がバラバラになったソラに問う、この城の記憶を失って元の記憶をもどすか、今のままの記憶でいるか。
ソラは前者を選び記憶を元に戻す眠りにつく。
忘れるはずのナミネとの再会を誓って。

一方時を同じくして、光と闇のはざまの世界で眠っていたリクは謎の声に導かれて忘却の城を訪れたが、謎の声の正体はアンセムだった。
リクは自分の中の闇の存在アンセムと戦いながら城を進んでいく。
しかしリクの心にある闇には機関にも目をつけられ利用されようとしていた。
機関メンバー、レクセウスとの戦いで窮地に陥ったリクは闇の力を使い闇に堕ちてしまう。
闇に堕ちたリクを救ったのは、ここにはいない王様の思念だった。
リクは王様に見守られていることを信じて城を進んでいく。

闇の力を受け入れようとしたリクは、またもやアンセムに身体を乗っ取られそうになる。
そこへ姿を現した王様がリクを助ける。
王様からもらったカードの世界で、リクを導いたアンセムの正体はディズという人物だったことがわかる。
ディズはナミネに会うように言い残し姿を消す。
ナミネをさがすリクの前に、リク＝レプリカが最後の戦いを挑んでくるが、戦いに敗れたリク＝レプリカは静かにその場を立ち去る。

ナミネを見つけたリクに、ナミネはその記憶に鍵をかけてアンセムを封じるか問う。
心の鍵に頼らずアンセムと戦うことを決意したリクは、ついに自分の心の闇にひそむアンセムを倒す。
王様とともに忘却の城をあとにしたリクは、光と闇のはざま、夜明けの道を選んで進んでいくことを決意していた。