ロクサスが"機関"の一員となって7日目、14番目のメンバーが加わる。
ロクサスは心の回収を主な任務とし、こなしていく日々の中、アクセルと交友を深めていく。
そんな中、アクセルが「忘却の城」の任務につくことになり、ロクサスは14番目のメンバー、シオンとの任務が増え、おのずと打ち解けあっていく。
そんなロクサスの前に任務を終えたアクセルが帰還する。
これからの任務の後は3人で「トワイライトタウン」の時計台の上でアイスを食べようと約束を交わし、
日々、友達、記憶、心のことを語り合うようになる。

そんなある日、シオンは偽の機関メンバーを倒す任務で返り討ちにあってしまう。
その偽機関メンバーとは、ソラの眠りを守るリクだった。
更に別の任務にも失敗したことで、シオンは眠ったままになってしまう。
やがて、シオンは眠りから目を覚まし、ロクサスに変わらない日々が帰ってくる。
しかしシオンは次第に自分の存在に疑問を持つようになっていた。

255日目。
「忘却の城」でシオンは自分の正体の真相を知ることとなる。
何も知らないロクサスはシオンを待ち続けていた。
次の日、ロクサスはシオンが機関から脱走したことを知る。
シオンを見つけたロクサスはいっしょに帰ろうと説得するが、シオンはロクサスにキーブレードを向ける。
そこに現れたアクセルは、力ずくでシオンを連れていってしまう。

ロクサスがシオンの正体を知った時、ロクサスもまた自身の存在に疑問を抱くようになる。
自分にそのことを隠していたアクセルと機関への不信から、ロクサスは機関を抜け出す。
一方、シオンはナミネと会ってソラに記憶を返す覚悟をしていた。
そんなシオンの前にアクセルが現れ、「おまえらが何度いなくなっても俺が何度でも連れて帰ってやる」と誓う。
なんとかシオンを連れ戻したアクセルだったが、機関の指導者であるゼムナスがシオンをどこかに連れて行ってしまう。

ロクサスはあてもなくさまよったあげく時計塔にやってくる。
シオンはソラを吸収するために、ソラの記憶から作られた人形だった。
そのソラのノーバディであるロクサスを吸収することで、シオンは完全な存在となる。
シオンは自分の宿命を果たす為にロクサスに戦いを挑んでくる。
そしてロクサスに敗れたシオンはソラのもとへと帰っていく。
それは記憶から作られたシオンのことを忘れるということを意味していた。

ゼムナスの野望であった、機関が心を回収することで完成させようとしていた"キングダムハーツ"を解放する為、
機関の城へ向かうロクサスの前にリクが現れる。
まだ未熟なロクサスがゼムナスに倒されればソラも目を覚まさない。
そして消えたはずのシオンの最後の願いがリクに届く。
リクはロクサスの力の前に倒れそうになるが、闇の力を解放してロクサスを捕える。

「トワイライトタウン」の自室でロクサスは不思議な夢を見て目を覚ます。
夏休みはあと7日間。
ロクサスはいつもの場所へ向かう。