リクは闇を抱えた自分がキーブレードを使うのにふさわしいのかを見極める為に、マスター承認試験に挑む。

ソラとリクは闇にのみこまれる直前の「デスティニーアイランド」へ時間をさかのぼった。
そこでアースラの幻影に襲われたソラたちは無意識に"眠りの鍵穴"を開く。

ソラと離ればなれになってしまったリクは、眠りに閉ざされた世界「トラヴァースタウン」で、この世界のことを知る口ぶりのヨシュアと出会う。

ヨシュアのたのみでライムを捜していたリクの前に、ビイトがヨシュアを倒そうとして現れる。
ビイトが繰り出したスピリットを倒したリクは、突然強い睡魔に襲われて眠ってしまう。

目を覚ましたリクはナイトメアに囲まれていたシキを助ける。

シキと同行することになったリクは黒コートの人物と遭遇する。
黒コートの人物はリクの心を闇に堕とそうと言葉を投げかける。
ビイトの言葉で我に返ったリクに黒コートの人物がフードをとって顔を見せる。
その顔はリクの見たことのない白髪の青年だった。
白髪の青年が巨大なナイトメアを呼び出して消え去る。

ナイトメアを倒すと不思議な映像が映し出され、その中にはソラの姿もあった。

映像の中で、ネクとシキ、ビイトとライムは粒子となって消えた。
この「トラヴァースタウン」はヨシュアが、ネクたちの存在を消さない為に出現させた街だった。
夢の欠片たちの絆を繋ぐ事で、それぞれが再生し存在する事ができた。
ソラとリクの問いかけに「ただの友達だ」とだけ答えて、ヨシュアはソラへ舞い上がって消えた。