そのころ、イェン・シッドのもとでは---
ミニーがさらわれた事件を解決し、イェン・シッドのもとへと戻った王様たち。
いっしょについてきたリアはイェン・シッドに何ごとかを要求する。
イェン・シッドはゼアノートの再来を予感して一刻の猶予もない事を考え、想定外の一手として、リアの要求に応じる事にした。

王様たちはいよいよソラとリクの事が心配になってきていた。
イェン・シッドはゼアノートがいまのソラとリクには近づけないはずと考える。
いくつかの可能性を話し合い、そして王様はついに真相にたどりつく。
ゼアノートは自ら肉体を失い、あの時あの場所でリクの肉体を乗っ取った。
すべてゼアノートの計算の内だった。
王様はソラとリクを助ける為に旅立った。


7つの眠りの鍵穴を開いてリクがたどり着いた場所は、かつてXIII機関が支配していた世界だった。

リクは泡のようなものに包まれて眠るソラの幻影を見つける。
ソラを起こそうとするリクの背後に、ソラの悪夢が具現化した黒コートの姿のナイトメアが現れる。

リクはナイトメアを倒してソラを呼びかけつづける。
そこにアンセムの声が聞こえてきて、リクを闇の中へ引きずり込む。

闇の中でリクはアンセムと対話する。
アンセムは、リクが無意識にソラの夢の中へダイブして、ドリームイーターの役目を担っていた事を明かす。
しかし、リクは闇の力を封じ込めたばかりに、ソラを悪夢から守れなかった。
アンセムはいま一度リクを闇へ誘う。
リクは闇との決別を決意し、キーブレードを構える。

アンセムを倒したリクは現実の世界に戻っていた。
リクはスピリットに導かれてソラの元にたどり着く。

ソラは13ある椅子の一つに座らされていた。
駆けよったリクが白髪の青年の攻撃ではじき飛ばされる。
白髪の青年はXIII機関の本来の目的がゼアノートの心を13の器に分けることにあった事を明かす。
そしてソラを13番目の器にするという。
それを合図に空席だった他の椅子に黒コートの人物が次々と現れる。
白髪の青年の正体は青年のころのゼアノートだった。
青年ゼアノートが一番高い椅子を指し示した時、王様が魔法で時間を止めて現れる。
ソラを連れて帰ろうとした時、何者かの攻撃を受けて王様がはじき飛ばされる。
王様が止めた時間の中で、青年ゼアノートは動く事ができた。
リクは青年ゼアノートに対峙する。

青年ゼアノートを倒すと同時に時間は動きだし、マスター・ゼアノートが姿を現す。
マスター・ゼアノートは7人の光の守護者と、13人の闇の探求者のぶつかりあいで、Xブレードを生み出そうとしていた。
マスター・ゼアノートがソラに自分の心を分けようとする。
王様とリクが阻止しようとするがゼムナスとアンセムに阻まれる。

ゼアノートの心がソラに届く寸前、炎とともにリアが現れてソラを助ける。
不意をつかれてつかまってしまった王様とリクは、光となって飛来したドナルドとグーフィーに助けられる。

そして、マスター・ゼアノートは光と闇の決戦が近い事を宣言する。

12人の真のXIII機関は粒子となってそれぞれの場所へ帰っていった。