突然サーチライトに照らされたリクはナイトメアとは異なる相手の様子を見る為に自ら捕らえられる。
そこでサムと出会う。

リクはサムとは別の場所に移送されて、強制的にライトサイクルバトルに参加させられる。
隙をついてバトルから脱出したリクはサムと再会する。
リクはこの世界から脱出するというサムに同行する。

情報収集の為にいったん別行動をしていたサムは機能停止したクオラと、ケヴィンとともに戻ってくる。
リクはサム、ケヴィンたちとポータルを目指す。

ポータルへ向かうソーラーセイラー上で、ケヴィンはクオラの修復を行う。
クオラはISOと呼ばれる存在で最後の生き残りである事が明かされる。
ISOの出現がクルーにクーデターを引き起こさせ、ケヴィンは現実世界に帰れなくなったのだった。
ポータルに向かっていたはずのソーラーセイラーは、いつの間にか進路を変えられて、クルーの戦艦、レクティファイアに到着してしまう。

リクたちがソーラーセイラーから降りると、パトロールしているリンズラーを見つける。
逃げ切るのは難しいと判断したクオラがおとりになって、リンズラーに捕まってしまう。

リクとサムはクオラを救出し、ケヴィンのディスクを取り返してケヴィンとともにポータルへ向かう。

ポータルにクルーが待ち構えていた。
クルーは巨大なナイトメアを呼び出して襲いかかってくる。

リクがナイトメアを倒すと、クルーは「完璧なシステムをつくった」とケヴィンに訴える。
しかしケヴィンはクルーの言葉を否定し、昔の自分のままだからそれがわからないと言って許しを乞う。
クルーがケヴィンからディスクを奪い取ると、それはクオラのディスクだった。
ポータルの鍵となるディスクはクオラのものとすり替えられていた。
クオラからディスクを受け取ったサムはケヴィンとの別れを決意してディスクをかかげる。
サムとクオラもポータルとともに消え、同時にクルーと融合したケヴィンも光の中に消え去る。

リクはポータルと自分たちが通ってきた異世界を繋ぐゲートの事を重ねて、
これからもつづく試練のことを思いながら、眠りの鍵穴を開く。