ソラは"悲しみの中で眠る者"を目覚めさせる新たな力を身に付ける為に、マスター承認試験に挑む。

ソラとリクは闇にのみこまれる直前の「デスティニーアイランド」へ時間をさかのぼった。
そこでアースラの幻影に襲われたソラたちは無意識に"眠りの鍵穴"を開く。

リクと離ればなれになってしまったソラは、眠りに閉ざされた世界「トラヴァースタウン」で、ネクと出会う。

ネクのパートナー捜しを手伝っていたソラの前に黒コートの人物が現れる。
ソラはその正体をたしかめようとするが、強い睡魔に襲われて眠ってしまう。

ソラが目を覚ますとネクと黒コートの人物がいなくなっていた。

ネクを捜していたソラはライムという記憶をなくした女の子と出会う。
ソラはネクの捜していたパートナーがライムかもしれないと考えて、いっしょにネクを捜しに行く。

ネクと再会したソラはライムを紹介するが、ライムはネクのパートナーではなかった。
その時突然ライムが消えてしまい、再び黒コートの人物は巨大なナイトメアを呼び出して消え去る。

ナイトメアを倒すと不思議な映像が映し出され、その中にはリクの姿もあった。
そこにライムをともなってヨシュアが現れる。
ヨシュアはこの映像はここではないもう一つの同じ世界での出来事だという。
その世界には行くことができない。
ソラは消えていく映像の中のリクを見つめる。

映像の中で、ネクとシキ、ビイトとライムは粒子となって消えた。
この「トラヴァースタウン」はヨシュアが、ネクたちの存在を消さない為に出現させた街だった。
夢の欠片たちの絆を繋ぐ事で、それぞれが再生し存在する事ができた。
ソラとリクの問いかけに「ただの友達だ」とだけ答えて、ヨシュアはソラへ舞い上がって消えた。