魔物の出現を聞きつけたソラは、ナイトメアに囲まれていたカジモドと出会う。
道化の王様気取りになって逃げようとしないカジモドを、偶然通りかかったジプシーのエスメラルダに手伝ってもらって大聖堂に逃がす。

ソラはフロロー判事によってカジモドが大聖堂に閉じ込められていた事を知って心配する。

カジモドを捜していたソラはフィーバスと出会う。
フィーバスはフロロー判事のやり方に異を唱えて、ジプシーとエスメラルダの危機を伝えにきたのだった。
そこに現れたカジモドはエスメラルダからあずかったペンダントを見て、ジプシーたちの隠れ家"奇跡の法廷"の場所を見つける。

奇跡の法廷でソラたちはエスメラルダと再会する。
そこに現れたフロロー判事がエスメラルダを捕らえ、ソラは不意をつかれて倒れてしまう。

目を覚ましたソラは火が放たれて燃える街に戻ってくる。
カジモドが処刑されようとしていたエスメラルダを救い出すと、ソラの前に巨大なナイトメアが現れて立ちはだかる。

ソラがナイトメアを倒したころ、カジモドもフロロー判事との決着をつけていた。
カジモドは自ら閉じ込めていた心を自由にして、外の世界に歩み出す。

一人になったソラの前に白髪の青年が現れる。
ソラに自分以外の心を閉じ込めているのではないのかと言って消える白髪の青年。
ソラはその言葉の意味を考えながら、眠りの鍵穴を開く。