キーブレードマスターを目指す少女アクアは、親友のテラ、ヴェントゥスとともに、マスター・エラクゥスの元で修行に励んでいた。

キーブレードマスター承認試験前夜、最後の調整のために訪れた山頂で、アクアはテラ、ヴェントゥスに"つながりのお守り"を手渡す。

キーブレードマスター承認試験の日、試験の結果、マスター・エラクゥスは、アクアをマスターと承認し、テラの承認は見送られる。

偉大な魔法使いイェン・シッドから、光のプリンセスに迫る脅威、アンヴァースの出現が伝えられる。
テラとアクアはアンヴァースの討伐と、連絡の途絶えたマスター・ゼアノートの捜索を命じられる。
そしてアクアは、マスター・エラクゥスのテラを闇に奪われたくないという思いを聞く。

旅立とうとしたアクアは、異空の回廊へ飛び去るヴェントゥスを目撃する。
マスター・エラクゥスがヴェントゥスを連れ戻すようアクアに命じる。
アクアはテラとヴェントゥスを追って旅立った。