代々、正統なキーブレードマスターによって守られてきた 「旅立ちの地」。
3人のキーブレード使い、テラ、アクア、ヴェントゥスは、
マスター・エラクゥスのもと、キーブレードマスターになることを夢見て修行の日々を送っていた。

テラとアクアのマスター承認試験を翌日に控えた夜。
満天の星空のもと、3人はアクアが作った 「繋がりのお守り」 を手に、お互いの絆を確かめあうのだった。
3人がいっしょに星空を眺めるのは、これが最後となった。

マスター承認試験当日。
そこには見届け人としてゼアノートの姿があった。
そもそも、テラとアクアは承認試験を待たずしてマスター承認が決まっていたのだが、
今回承認試験が行われることになったのはゼアノートの進言によるものだった。

試験の一つ摸擬戦の最中、テラは思わぬ劣勢に立たされる。
負けたくないというテラの強い思いは無意識に闇の力を発動してしまう。
闇を決して認めないエラクゥスはテラを不合格、アクアだけをマスターと認める。
こうして承認試験は幕を下ろした。

失意のテラにゼアノートは闇を力で制することを諭す。
その言葉に救われた思いのテラはゼアノートに信頼を寄せるようになっていく。

そんななか、光の世界を見守る偉大な魔法使いイェン・シッドから異変が知らされる。
負の感情から生まれた闇の魔物アンヴァースが世界各地に出現し、
純粋な心の光を持つプリンセスたちをおびやかしていると言うのだ。
そして闇の脅威に際して事に当たるべきゼアノートも消息を絶ったらしい。
エラクゥスはアクアとテラを呼び、アンヴァース討伐とゼアノートの捜索を命じる。

一方、ヴェントゥスは不気味な仮面をかぶった少年と対峙していた。
仮面の少年はテラの不穏な未来を告げる。
不安に駆られたヴェントゥスはテラを追って 「旅立ちの地」 を飛び出してしまう。

いち早く旅立ったテラ、それを追うヴェントゥス、最後に旅立つこととなったアクアにはエラクゥスから別命が与えられていた。
旅立つにはまだ早いヴェントゥスを連れ戻すことはもとより、闇の兆しを見せたテラの動向を監視するようにと。