デスティニーアイランドで「鍵穴」の奥にいた敵を倒したソラは、データの渦にまきこまれ気がつくと、トラヴァースタウンにいた。
ここでも異変が起きており、街中にブロックが出現していた。

シドに頼まれたソラは、ヒューイ・デューイ・ルーイの、3つ子をさがすことになった。
3つ子は、街の異変を調べに出かけたきり、戻ってこないという。
ハートレスと戦いながら街を調べ、ソラはヒューイたち3つ子と出会うことができた。
3つ子はそれぞれ奇妙なカケラを見つけており、それらを合わせると新たな鍵穴が出現した。

鍵穴の中は、世界の仕組みがゆがめられて不思議な空間と化していたが、
ソラは難関を突破し、トラヴァースタウンの異変の原因となったバグを倒した。
一方、ミッキーたちの城では、またしてもメモに変化が起こっていた。
「痛みがひとつ いやされた」という文章が再び現れ、メモに記録されていないはずのプルートの姿が再生される。

その時、城にハートレスが現れる。
ミッキーたちは部屋から出ようとしたが、扉はびくともしない。
部屋に閉じ込められてしまったのだ。