リクをさらったマレフィセントは、ソラのキーブレードを破壊してしまった。
キーブレードをなくし、戦う力をなくしたソラだが、リクを救うために危険を承知でホロウバスティオンに乗り込んだ。

武器のないソラは、苦戦しながらワナやしかけをかわし、城の奥へ進んでいく。
そんなソラを助けるために、ドナルドとグーフィーがやってきた。
力を合わせて戦うことで、友情を確かめあう彼らの前に、ピートが現れた。
ソラの目の前で、苦しめられるドナルドたち。
キーブレードのないソラには、どうすることもできないはずだったが...

たいせつな友達を救いたいと、ソラが強く願った時、キーブレードがよみがえった。
友達を想う心が、ソラに力を与えたのだ。
形勢は逆転し、ピートは鍵穴に逃げこんでいった。

ピートを追って鍵穴に入ったソラの前に、立ちふさがったのは、リクだった。
リクの意識はバグに乗っ取られ、ピートにあやつられていた。

戦いのさなか、リクは最後の意識で願う。
このままでは、リクは完全にバグに支配されてしまう。その前に、バグごとリクを消し去ってほしいというのだ。
なんとかリクを止めたソラだったが、リクは意識を失ってしまった。
リクを救うには、その体内に入って、バグをとりのぞくしかない。
ソラは決意をかため、リクの体内へ入りこむ。