バグに侵されたリクを救おうと、ソラはリクの体内に広がるデータ空間に飛び込んだ。
そこで待っていたリクの意識は、バグに支配されつつあった。
リクはソラに、あるデータを託した。

それはジミニーメモの奥底に隠されていた正体不明のデータだった。
元のジミニーメモには存在せず、後から追加された記録で、ソラがこれまでバグを消してきたおかげで、発見できたものだった。
その追加データを調べれば、ジミニーメモをめぐる謎も解けるかもしれない。
データを持って脱出しろと告げるリク。
バグに乗っ取られかけたリクは、自分自身を消すことで、バグを始末するつもりだった。
しかしソラがリクを見捨てるはずもない。リクをむしばむバグとの戦いを決心する。
ジミニーメモのデータ集合体であるリクの体内には、ソラがこれまでに訪れた世界のデータが展開されていた。

バグは強力で、データ空間は大きくゆがみ、ソラの力も制限されてしまう。
少しずつバグをとりのぞいていくソラは、戦いのさなかで、リクの思い出を追想した。
そんなソラの前に、リクの姿をしたバグが出現する。
だがリクとの思い出をたどってきたソラが、まどわされることはなかった。
バグを倒し、リクを救えると安心したが...

何者かが、外部から干渉してきた。
このままでは出口がふさがれ、リクの体内に閉じ込められてしまう。
ソラは急いで脱出にかかった。干渉してきたのは、マレフィセントだった。
邪魔なソラを閉じ込めるため、魔力をふるうマレフィセント。
巨大なドラゴンに変身したマレフィセントにソラはどうにか勝利した。

マレフィセントの干渉がなくなったので、現実世界に帰ることができる。
ディズニーキャッスルに戻ったミッキーらはデータ世界のソラたちから、思いがけない話を聞かされた。

バグが修復されれば、ジミニーメモの記録は本来の状態に戻る。
メモの異変から始まったこの冒険は、異変が消えることによって、なかったことになり、データ世界のソラの記憶もリセットされる。
けれどソラの記憶が消えても、現実世界のミッキーたちが記憶していればいい。
記録は消えても、記憶は消えない... そんな言葉で、別れを受け入れようとしたが...
データの根源にひそんでいた強大なバグが、動き出し、すべてのデータを消そうとする。
データ消滅を防ぐには、データをロックして封印するしかない。

だが今データをロックすれば、まだここに残っているマレフィセントとピートは、現実世界に帰れなくなる。
ロックが遅れれば、彼らはバグによるデータ消滅にまきこまれて、消えてしまうだろう。
ピートたちを放っておけず、救出に向かったソラは、バグの根源と対決する。
その正体は、ソラのハートレスだった。
以前の冒険で、ソラが一時的にハートレス化した時のデータが、闇を吸収し力を得たのだ。

倒しても倒しても、よみがえるハートレス。
ソラがあきらめかけたその時、救いの手がさしのべられた。
ミッキーが再びデータ世界に戻ってきたのだ。

ミッキーの協力で、ソラはバグを倒す。
ピートとマレフィセントも無事に現実世界へ帰っていった。
ソラとミッキーは別れを交わし、こうしてデータ世界での冒険は終わったかにみえた...