ソラはいつのまにかワンダーランドにいた。
トラヴァースタウンの異変を倒し、傷ついた世界を回復させたことによって、次なる世界への道が開かれたのかもしれない。

真相は、わからない。
データ世界で冒険するソラを、現実世界のディズニーキャッスルかｒ見守っているミッキーたちは、
城の一室から出られず、思うように行動できずにいた。
やがてソラは、ひとりの少女に出会うが、彼女は自分の名前を思い出せなかった。
チシャ猫によると、ワンダーランドの住人はバグによって記憶をかきみだされたのだ。

チシャ猫のヒントで、ソラは少女の記憶を一部だけ取り戻し、アリスという名前を思い出させることができた。
アリスは鍵穴に心当たりがあるというがどこにあるかは思い出せなかった。
アリスの記憶を回復して鍵穴を発見し、その奥の敵を倒せば異変を解決できそうだ。
アリスの記憶を取り戻そうとするソラの前にたびたび黒いコートの人物が現れたが、ソラを邪魔するつもりはないようだ。
やがてアリスの記憶がよみがえり、鍵穴の場所を思い出したが、ハートの女王によって裁判にかけられてしまう。
バグに記憶を乱された女王は、ソラたちが記憶を盗んだ犯人だと決めつけた。

せまるトランプ兵たちをかわし、ソラは鍵穴に飛び込む。
待ちかまえていた敵を倒したことで、ワンダーランドの住人たちは、正しい記憶を取り戻した。
だが安心する間もなく、黒いコートの人物が出現する。
その後を追いかけて、扉を開いたソラは...

なんと、ミッキーたちの部屋に現れた!
今までミッキーたちは現実世界の部屋から、データ世界にいるソラを見守っているつもりだったが、
いつのまにか部屋ごとデータ世界の中に取り込まれていたのだった。

そして黒いコートの人物が正体を現す。
彼はソラの親友リクの姿をしていたが、現実のリクとは違う。
いわばジミニーメモに記録されたデータの、集合体のような存在だった。

ジミニーメモの全データを、バグから保護するために存在する彼にも「彼らの痛みをいやしに戻らなければならない」という
文章の秘密は解けなかった。
その謎を解き明かすために、ミッキーたちをデータ世界に取り込み、そして今までソラにヒントを与えて導いてきたという。
彼が味方だとわかって、ミッキーたちはデータ世界から出る方法をたずねるが...
その時、何者かがデータに侵入しようとしたため、データ世界から出る道がふさがれた。
新しい道をさがすには、さらにバグと戦うしかない。
ソラは新たな世界に向かうことになった。