なぜかデータ世界に侵入してきたピートを追いかけて、砂漠の都アグラバーにやってきたソラは、アラジンと名乗る青年に会う。
彼の頼みで、ソラはジャスミンという女性をさがすことになった。

ほどなくしてジャスミンを発見するソラ。
彼女はアグラバーのプリンセスだったが、ジャファーに狙われていた。
彼女の話によると、ジャファーはバグを利用して国を支配しようとたくらんでいるという。
一方ジャファーの前に、ピートが現れていた。ピートは、ジャファーに魔法のランプを渡す。
それはデータ世界のバグを悪用してコピーした偽物のランプだったが、それでも強い魔力を秘めていた。

そんなことも知らず、ソラはジャスミンをアラジンのもとへ連れていった。
アラジンには、ジャスミンへ渡したい物があった。
砂漠の洞窟で偶然手に入れた品でジャファーの野望を止める役に立つという。

だがそこへジャファーが現れ、ジャスミンを連れ去った。
偽ランプで特別な力を得たジャファーは、魔法で街の時間を止めたため、行動できるのはソラだけだ。

しかもアラジンが洞窟で見つけたランプを、ジャファーの手下イアーゴに盗まれてしまう。
ソラは、ジャファーの幻影をかわしながらイアーゴを追い、ランプを取り戻した。
するとランプの中から、魔人ジーニーが現れた。
ソラはジーニーの助けを借り、ジャファーがひそむ洞窟へと向かう。

追いつめられたジャファーは、ランプの力で無敵の魔人ジャファーに変身して襲いかかる。
苦戦するソラだったが、最後にはランプに魔人ジャファーを封印することができた。

ところが安心したソラの前に、ピートと魔女マレフィセントが出現する。
不意をつかれたソラは、マレフィセントにキーブレードを破壊されてしまった。

絶体絶命のソラを助けるために駆けつけたミッキーたちに、ピートは真相を語る。
実はピートは、ミッキーたちがデータ世界に入った時、一緒にデータ世界に来ていたのだ。
こっそりデータ世界を調べたピートは、その悪用をたくらみ、マレフィセントを呼び寄せたという。
ミッキーたちがデータ世界から出られなくなったのも、ピートのしわざだった。

データ世界を完全に支配しようとたくらむマレフィセントは、リクを連れ去った。
キーブレードを失ったソラの代わりに、ミッキーは1人でリク救出に向かう。
後に残されたソラは...?