ポートロイヤルにやってくると、なにやら港の方が騒がしい。
そこにはピートと、バルボッサ率いる不死の海賊たちの姿があった。彼らは金貨を探すと言い、街へ向かう。

後をつけていくと、提督の娘エリザベスが海賊にさらわれてしまった。
出会ったウィルとともに海賊を追いかけるソラたち。だが海賊たちの船はすでに出港していた------
港にいた一匹狼の海賊ジャック・スパロウを説得し、海軍の船インターセプター号で、海賊の船ブラックパール号を追いかける。

そのころバルボッサはエリザベスに不死の秘密を語っていた。
彼らはアステカの金貨を盗んだせいで、呪いにかかったのだ。
呪いを解くには、金貨をすべて宝箱に戻し、償いの血を注げばいい------

そしてブラックパール号は、バルボッサがジャックから奪った船だった。
ジャックが協力してくれたのは、自分の船を取り戻すためなのだ。ジャックのコンパスを頼りに、船は海を進み------
たどりついた先は、呪いの金貨が眠る死の島。
ウィルとジャックがエリザベスの救出に向かう間、ソラたちは船の見張りを命じられたが、戻ってこないので心配になってきた。

そのころ洞窟では、すべての金貨をそろえた海賊たちが大騒ぎ。あとは償いの血を注げば呪いが解けるはずだった。
ところがエリザベスの血に呪いを解く効果はなかった。
あわてる海賊たちのスキをついて、ウィルがエリザベスを助け出す。

真実がわかったのは、ポートロイヤルへ戻る途中だった。
金貨の呪いを解くカギとなる人物は、エリザベスではなく、海賊だったウィルの父親。
その息子であるウィルの血こそが、償いの血なのだ。

追ってきたバルボッサのたくらみでウィルはさらわれ、船には火薬ダルがしかけられてしまった。絶体絶命のピンチ!
だがジャックとソラたちは危機を乗り越え、ウィル救出に向かう。

バルボッサとの戦いは、呪いすら利用したジャックの勝利!
再会を喜ぶウィルとエリザベス。ジャックは取り戻したブラックパール号で今日も海を行く。


平和が戻ったはずの街。
ポートロイヤルを再び訪れたソラたち。また港で騒ぎが起きていた。
金貨の呪いは消えたはずなのに、不死の海賊があばれている。
ジャックとともに海賊を倒すと、エリザベスがやってきた。
ウィルが、不死の海賊が現れたのは、金貨に何かが起きたせいではないかと、死の島に向かったらしい。

エリザベスの頼みで海に乗り出すと、漂流していたインターセプター号でウィルを発見する。
XIII機関が金貨を奪ったという。
まきこまれたくないジャックだったが、そこへXIII機関が出現。
海賊のおきて「パーレイ」により、嫌でも交渉するしかなく、数枚の金貨が奪われてしまう。
あわてたところを怪物に不意討ちされて、インターセプター号は沈められてしまった。

ソラたちは船の墓場に流れつく。なぜかジャックだけが怪物の呪いにかかっていた。
「あいつらの好きにさせるのは気に入らない」
金貨をすべて集め、XIII機関を追いかける。決戦の地はポートロイヤルだ。

ソラたちは怪物を倒し、ジャックの呪いは解けた。
XIII機関には逃げられたが、金貨をすべて海に沈めた今、ポートロイヤルの平穏をおびやかすものはない。
伝説の海賊ジャック・スパロウは、ブラックパール号で旅を続けるのだった。