アンセムのコンピューターをいじっていると、MCPにより、プログラムの中に取り込まれてしまった。
サーク司令官に囚われたソラたちは、牢獄の中でセキュリティ・プログラム、トロンと出会う。

トロンとともに、牢獄を脱出し、キャニオンにあるエナジー・コアを動かしに向かう。
そうすれば、外の世界へ帰るための装置にエネルギーが送られるのだ。

無事に準備をととのえたソラたちは、トロンにあることを頼まれる。
DTDと呼ばれるデータエリアにアクセスするため、トロンのユーザーに会い、パスワードを聞き出してほしいという。
そのユーザーとは、アンセムのことだった。

いったん外の世界に戻ったソラたちは、アンセムの研究室で見つけた「ドア・トゥ・ダークネス」の文字や、
王様の言葉をヒントにパスワードをつきとめる。
闇の扉を開く7人のプリンセスの名前------それがDTDのパスワードだった。
さっそくトロンはパスワードを入力し、データエリアを解放したが、MCPは危険プログラムを送り出した。
このままでは街が破壊されてしまう。

急いで入出力タワーへ向かうと、危険プログラムが次々と送信されようとしていた。
襲いかかってきた危険プログラムを破壊し、ソラたちは街を守った。

戦いのあとで、トロンがアンセムの情報を教えてくれた。
トロンを改造したのも、MCPを改造したのもアンセムだったのだ。
同一人物とは思えない正反対の行動の裏には、どんな意味があるのだろう?
まだまだ謎は残っているが、答えはいつか見つかるはずだ。

トロンとの絆という大切なものを手に入れ、ソラたちは外の世界へと帰っていった。


プログラムの世界も少し落ち着いていたはずだが------
街では、MCPによる異常事態が発生していた。再びプログラムの中の世界にやってきたソラたち。
MCPはユーザーと全面戦争を起こすつもりらしい。
再会したトロンとともに、MCP消去プログラムを受け取りに向かう。レオンも外の世界でがんばっているはずだ。

入出力タワーへたどりついたソラたち。
送られてきたプログラムにより、トロンはパワーアップし、ソーラー船も使えるようになった。
いよいよ決戦の時だ------
ソーラー船でMCPの本拠地に乗り込んでいく。

サーク司令官を倒し、世界を手に入れようとしていたMCPとの決戦を制した!
ソラたちとトロンは、また会う約束を交わして別れる。
別れ際、システムを手に入れたトロンは、ソラたちにプレゼントを贈った。
それは街ができたころの景色だった。