久しぶりに訪れたホロウバスティオン。
少し様子は変わったが、まだまだ平和には遠いようだ。いまだにハートレスがうろつく街を歩いていると、ユフィと再会する。

「ホロウバスティオン再建委員会へようこそ! 」
案内されたマーリン様の家にはレオンたちも集まっていた。つい最近、みんな同時にソラのことを思い出したらしい。
街の再建に協力を約束したソラたちだが、街は大きな問題を抱えていた。

ヴィラン砦ではハートレスが増殖し、ノーバディもうろついている。
「まかせて! 」と意気込んでみせるソラだったが、まるで話を聞いていたかのようにXIII機関の面々が姿を現し、
謎めいた言葉でソラを挑発する。
だがその意味を考える間もなくキーブレードが輝いて、他の世界への道が開いた。

イェン・シッド様の言葉を思い出し、ソラたちは新たな世界へと旅立つ。


マーリン様に導かれ、ホロウバスティオンに戻ってきたソラたち。
彼が差し出したのはプーの絵本だった。しかし現れたハートレスが本のページを破ったせいでプーの記憶が失われてしまう。
元に戻すには、ちぎれたページを集めるしかないようだ。


ディズニーキャッスルにイバラが現れた。このままでは城が闇に染まってしまう。
ホロウバスティオンにいるマーリン様の力を借り、ディズニーキャッスルを救う方法を教えてもらった。
そうしたソラたちの活躍により、再び城に平和な日々が戻ってきた。


ホロウバスティオンでは、ハートレスやノーバディが数を増していた。
マーリン様の家を訪れたソラたちは、かつてアンセムが使っていたコンピューターの存在を知る。
しかもレオンと一緒に王様もいるらしい。

だがアンセムの研究室には誰もおらず、おまけにコンピューターもない。
コンピュータールームの扉は、壁に隠されていたのだ。
使い方もわからずにアンセムのコンピューターをいじるソラたち。すると特殊な装置が動き出し、奇妙な世界へ飛ばされてしまった。

そこはコンピューター・プログラムの世界だった。
セキュリティ・プログラムであるトロンの協力で元の世界に戻ったソラたちは、データエリアへアクセスするパスワードを探す。
それはアンセムの研究データを手に入れるためにも必要なものだ。

やがて壁に書かれた「ドア・トゥ・ダークネス」の文字や再会した王様の言葉をヒントに答えをつきとめる。
闇の扉を開く7人のプリンセスの名前------それがパスワードだった。
トロンとの約束を果たすため、ソラたちは再びコンピューターの中の世界へと飛び込む。

データエリアを解放してホロウバスティオンに戻ってきたソラたち。
これでDTDからデータが引き出せるようになった。
しかし、ほとんどのデータが壊れていて、リクとカイリの情報も見つからない。
適当に触っていると、見知らぬ男の絵が現れる。王様はその男こそが本物のアンセムだと言う。

以前ソラたちが倒したのは、アンセムを名乗った偽者から生まれたハートレスで、
さらにその偽アンセムのノーバディがXIII機関のリーダーだった。
王様は、偽者の正体を知っているはずの本物------賢者アンセムをさがしていた。
その時、轟音とともに部屋が大きく揺れる。

外はハートレスとノーバディであふれかえっていた。レオンたちも敵の大軍に応戦する。
みんなも大渓谷を埋めつくす敵にもひるまずに突っ込んでいった。

そして待ち構えるXIII機関のリーダー、ゼムナス。
ついに見せた素顔の正体は、賢者アンセムの弟子ゼアノートだ。
リクとカイリのことを問いただすソラだったが------
「リクのことは王様に聞け」
とまどうソラを残し、ゼムナスも王様も闇へと消えてしまった。
そこへ現れたアクセルは、ソラの戦いがXIII機関に利用されていると告げる。
迷いを抱えたまま大量のハートレスに囲まれてしまうソラ。すると一筋の光が------

さまざまな思惑がからみあう中、決戦はひとまずの終わりを告げた。


落ち着いたはずのホロウバスティオン。
しかし街の様子がおかしい------
MCPが次々とハートレスを作り出し、街のシステムも乗っ取っていたのだ。
ソラたちは再びトロンに会いに行く。

異変の原因は、世界の支配をたくらんだMCPだった。
MCPを倒したのち、みんなはトロンからプレゼントを受け取った。それは街ができたころの景色だ。
なつかしい風景をきっかけに、ある記憶がよみがえる。
いつからかホロウバスティオンと呼ばれていたが、この街の本当の名前は------

「レイディアントガーデン」